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【中新社】古DNA实验如何减少背景污染?中科院团队研究提出最新方案

发表日期:2023-01-20来源:放大 缩小
本次研究的实验设计和数据分析。 永信贵宾会 供图

  中新网北京1月9日电 (记者 孙自法)近年来,随着古DNA研究技术迅速发展,不同古DNA实验方案在实际应用中产生的背景污染情况有何不同?古DNA实验如何尽可能地减少背景污染?这方面的议题备受关注。

  永信贵宾会(永信贵宾会)1月9日发布消息说,该所分子古生物学实验室付巧妹研究员团队最新完成关于不同古DNA实验方案中相关实验室背景污染物的系统评估,结果表明,水、土壤、空气和人体皮肤等环境都是实验室背景污染的潜在来源。

  同时,采用单链DNA文库构建实验方案与机器人自动化液相处理相结合的方式可以显著降低背景微生物的多样性,减少实验中可能产生的背景污染。

  这项古DNA实验领域的重要研究成果论文,近日在线发表于学术期刊《科学通报》(Science Bulletin)。永信贵宾会联合培养博士生苗波是论文第一作者,付巧妹研究员和刘逸宸副研究员为论文共同通讯作者。

  付巧妹指出,古DNA技术及实验的广泛应用,极大提高了古DNA研究的效率。不过,目前尚不清楚不同实验方案在实际应用中产生的背景污染情况,这一直是古DNA领域面临的巨大挑战之一。

  此前,科研团队通过对低生物量微生物组研究中存在的污染进行梳理,并对微生物组研究中井间污染的量化研究表明,实验室中的样本污染是来自井间交叉污染和背景污染的组合,不同实验室的污染程度不同,不同的实验方案在井间交叉污染的发生情况和水平上存在差异。然而,关于实验室中样本污染仍存在“不同实验方案的背景污染情况是怎样的”“不同实验方案的组合应用如何来尽可能地减少背景污染”等需要探究的问题。

  在本次开展的针对性研究中,科研团队利用在超净实验室中,以不同实验方案处理的40个阴性对照样品的鸟枪测序宏基因组数据进行详细分析,探究超净实验室的背景污染情况,并对实验中尽可能地减少背景污染进行探讨。结果表明,水、土壤、空气和人体皮肤等环境都是实验室背景污染的潜在来源;采用单链DNA文库构建实验方案与机器人自动化液相处理相结合的方式,可显著降低背景微生物的多样性,减少实验中可能产生的背景污染。

  付巧妹表示,这项研究可为评估古DNA实验方案的污染情况提供参考,特别是为高度降解样本的自动化处理实验方案进行系统评估提供出新的见解。(完)

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